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Le 1er septembre 2026 approche et, avec lui, une nouvelle étape de la généralisation de la facturation électronique. Faut-il pour autant modifier en urgence la façon de facturer les soins au cabinet ? Pas nécessairement.
Les professionnels de santé sont bien concernés par la réforme, mais dans une mesure souvent plus limitée que d’autres secteurs d’activité. Pour beaucoup d’entre eux, l’enjeu principal au 1er septembre 2026 ne sera pas d’émettre de nouvelles factures électroniques pour les actes de soins, mais de pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs.
Voici les points essentiels à connaître pour aborder cette échéance sereinement.
Facturation électronique : de quoi parle-t-on ?
La réforme française de la facturation électronique concerne les échanges de factures entre entreprises établies en France et assujetties à la TVA, selon les opérations concernées.
Il ne s’agit pas simplement de remplacer une facture papier par un PDF envoyé par e-mail.
Lorsqu’une facture électronique est obligatoire, elle doit être émise, transmise et reçue dans un format électronique répondant aux exigences de la réforme, par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. La réforme comporte également un volet appelé e-reporting, qui consiste à transmettre à l’administration fiscale certaines données relatives à des opérations qui ne relèvent pas de la facturation électronique entre entreprises françaises.
Le calendrier à retenir
À partir du 1er septembre 2026
Toutes les entreprises doivent être en capacité de recevoir des factures électroniques. À cette même date, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) devront également commencer à émettre leurs factures électroniques lorsqu’elles sont concernées par l’obligation.
À partir du 1er septembre 2027
Les PME, TPE et micro-entreprises devront à leur tour émettre leurs factures électroniques lorsqu’elles sont concernées. À retenir : le 1er septembre 2026 n’est donc pas la date à laquelle tous les professionnels libéraux devront soudainement transformer leur facturation en facturation électronique. Pour de nombreux professionnels de santé, l’enjeu immédiat est surtout la réception des factures fournisseurs.
Pourquoi les professionnels de santé sont-ils dans une situation particulière ?
Les actes de soins réalisés par les professionnels médicaux et paramédicaux peuvent bénéficier d’une exonération de TVA, notamment lorsqu’ils correspondent à des soins à finalité thérapeutique. Les opérations relevant de certaines exonérations de TVA prévues par les articles 261 à 261 E du Code général des impôts sont hors du champ de l’obligation d’émission de factures électroniques. La DGFiP a d’ailleurs publié une fiche spécifique consacrée aux professionnels de santé.
Concrètement
Pour un professionnel dont l’activité consiste exclusivement en actes de soins bénéficiant de cette exonération et qui n’est pas tenu d’établir de facture pour ces opérations : il n’y a pas, du seul fait du 1er septembre 2026, d’obligation de transformer la facturation de ces actes de soins en factures électroniques. Mais cela ne signifie pas que le professionnel de santé est totalement en dehors de la réforme.
Le point essentiel : la réception des factures fournisseurs
Même lorsqu’il n’émet pas de factures entrant dans le champ de la réforme, un professionnel peut être concerné en tant qu’acheteur professionnel. À partir du 1er septembre 2026, il devra être en mesure de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs lorsque ces factures entrent dans le champ de la réforme. La DGFiP précise explicitement qu’un professionnel qui n’émet pas de facture ou qui facture sans TVA peut néanmoins être concerné en tant qu’acheteur et doit alors pouvoir recevoir les factures de ses fournisseurs au format électronique par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. C’est probablement le principal changement à anticiper dans de nombreux cabinets et structures de santé.
Un exemple concret
Un cabinet qui réalise uniquement des actes de soins
Un cabinet médical, infirmier, de kinésithérapie, de chirurgie dentaire ou autre professionnel de santé réalisant uniquement des actes de soins bénéficiant de l’exonération applicable n’a pas, pour ces actes, à basculer automatiquement vers l’émission de factures électroniques au 1er septembre 2026. En revanche, ses fournisseurs pourront progressivement lui adresser leurs factures sous forme électronique. Le cabinet doit donc avoir organisé la réception de ces factures.
Un professionnel ayant plusieurs activités
La situation doit être examinée plus précisément lorsqu’un professionnel exerce également d’autres activités. Une activité complémentaire peut être soumise à TVA ou relever de règles différentes selon la nature exacte des prestations. Il ne faut donc pas raisonner uniquement à partir de la profession exercée :
Ce n’est pas simplement « je suis professionnel de santé, donc je ne suis pas concerné ». Il faut regarder la nature des activités réalisées et leur régime de TVA.
En cas de doute, le plus simple est de faire le point avec son expert-comptable ou son conseil habituel.
Que faut-il faire concrètement avant le 1er septembre ?
La bonne nouvelle est qu’il n’est pas forcément nécessaire de changer de logiciel de facturation ou de bouleverser l’organisation du cabinet.
En revanche, quelques vérifications sont utiles.
1. Vérifier sa situation
Commencez par identifier :
- les différentes activités du cabinet ;
- celles qui sont exonérées de TVA ;
- celles qui seraient éventuellement soumises à TVA ;
- les situations dans lesquelles le cabinet émet ou reçoit des factures entre professionnels.
La DGFiP propose un questionnaire en ligne permettant d’affiner sa situation à partir de la taille de l’entreprise, de la clientèle, de l’activité et du régime de TVA.
2. Faire le point sur la réception des factures
Regardez comment le cabinet reçoit actuellement ses factures :
- courrier ;
- PDF par e-mail ;
- espace fournisseur ;
- logiciel de comptabilité ;
- logiciel de gestion ;
- transmission directe à l’expert-comptable.
L’objectif est de savoir comment les factures électroniques seront réceptionnées et intégrées dans votre organisation à partir du 1er septembre 2026.
3. Choisir une plateforme agréée
C’est le point à ne pas négliger.
Pour être en capacité de recevoir les factures électroniques, l’entreprise doit avoir choisi une plateforme agréée par l’État, directement ou au travers d’une solution compatible avec une telle plateforme.
Il existe aujourd’hui de nombreuses plateformes agréées. La liste officielle est publiée par la DGFiP.
Il n’est donc pas nécessaire de choisir une plateforme dans la précipitation sans regarder les solutions déjà utilisées par le cabinet ou proposées par son logiciel comptable.
4. Contacter son éditeur de logiciel
Si vous utilisez déjà un logiciel de gestion, de facturation ou de comptabilité, vérifiez avec son éditeur :
- s’il est compatible avec la réforme ;
- avec quelle plateforme agréée il fonctionne ;
- comment les factures fournisseurs seront réceptionnées ;
- si une configuration particulière est nécessaire.
Avant d’acheter un nouveau logiciel, vérifiez d’abord ce que votre solution actuelle permet déjà de faire.
Attention : un PDF par e-mail n’est pas forcément une facture électronique
C’est une confusion fréquente. Recevoir une facture en PDF dans sa boîte e-mail ne signifie pas nécessairement qu’il s’agit d’une « facture électronique » au sens de la réforme.
Lorsqu’une facture entre dans le champ de l’obligation, elle doit être transmise dans le cadre et les formats prévus par la réforme, via une plateforme agréée.
Cela ne signifie pas pour autant que tous les PDF reçus par e-mail vont disparaître le 1er septembre 2026 : seules les opérations entrant dans le champ de la réforme sont concernées.
Et le e-reporting ?
Le e-reporting constitue l’autre volet de la réforme.
Il concerne la transmission à l’administration de certaines données relatives à des opérations qui ne relèvent pas de la facturation électronique entre entreprises françaises, ainsi que, dans certaines situations, des données de paiement.
Pour les professionnels de santé dont les activités sont exclusivement constituées d’opérations de soins exonérées de TVA et dispensées de facturation, la situation est particulière : ces opérations ne sont pas à considérer comme des opérations classiques de facturation électronique simplement parce que la réforme entre en vigueur en septembre 2026.
Là encore, le régime applicable dépend de la nature exacte des opérations réalisées.
Et si vous n’avez encore rien fait ?
Pas de panique.
Si, fin août, vous n’avez encore entrepris aucune démarche, voici l’ordre de priorité à retenir :
Vérifier votre situation fiscale : quelles sont vos activités et leur régime de TVA ?
Vérifier comment vous recevez actuellement vos factures fournisseurs.
Contacter votre expert-comptable si vous avez un doute sur votre situation.
Contacter votre éditeur de logiciel pour savoir quelle solution de réception il propose.
Choisir une plateforme agréée, directement ou via une solution compatible, pour pouvoir recevoir les factures électroniques.
Vérifier que l’organisation retenue est opérationnelle avant le 1er septembre.
Il n’est donc pas forcément nécessaire de modifier la facturation des soins ni de changer de logiciel dans l’urgence. La priorité est de s’assurer que le cabinet pourra recevoir correctement les factures électroniques de ses fournisseurs.
Une précision importante pour les professionnels de santé
La facturation électronique dont il est question ici ne remplace pas la télétransmission des feuilles de soins.
La réforme concerne la facturation électronique entre entreprises dans le cadre fiscal défini par le dispositif. Elle ne signifie pas la disparition de SESAM-Vitale, de la télétransmission à l’Assurance Maladie ou des autres circuits habituels de facturation des soins.
Autrement dit : votre télétransmission des feuilles de soins continue selon les règles habituelles.
Où trouver une information fiable ?
La réforme étant technique, il est préférable de privilégier les sources officielles.
La Direction générale des Finances publiques (DGFiP) propose un espace dédié à la facturation électronique avec :
- un questionnaire permettant d’identifier sa situation ;
- un guide pratique ;
- une foire aux questions ;
- des fiches spécifiques, notamment pour les professionnels de santé ;
- la liste officielle des plateformes agréées.
Ressources officielles :
DGFiP – Je passe à la facturation électronique
DGFiP – Qu’est-ce que la facturation électronique change pour mon entreprise ?
DGFiP – Facturation électronique et plateformes agréées
Ministère de l’Économie – Tout savoir sur la facturation électronique
En résumé
Pas de révolution dans la facturation des soins au 1er septembre 2026.
Mais une nouvelle organisation à prévoir pour recevoir les factures électroniques des fournisseurs.
Si rien n’a encore été fait, le bon réflexe est donc de vérifier sa situation, de contacter son expert-comptable ou son éditeur de logiciel et de choisir une plateforme agréée pour la réception des factures.
Pas besoin de paniquer : mais mieux vaut ne pas découvrir son circuit de facturation le 1er septembre au matin ! (photo : rawpixel on Magnific)
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